位于巴拿馬共和國中部。從一側(cè)的海岸線到另一側(cè)海岸線長度約65千米，由加勒比海的深水處至太平洋一側(cè)的深水處約82千米，最寬達304米，最窄處為152米。

1513年，西班牙殖民征服者V.N.巴爾沃亞發(fā)現(xiàn)巴拿馬地峽。1524年，西班牙國王查理五世下令勘測通過巴拿馬地峽的運河路線。1819年，西班牙王室下令在巴拿馬地區(qū)開鑿運河，并成立專門的運河公司，但因拉丁美洲獨立運動的爆發(fā)而中斷。1879年，法國企業(yè)家、工程師F.M.V.de雷賽布從哥倫比亞政府獲得了巴拿馬運河的開鑿權(quán)。1881年，巴拿馬運河公司成立，但運河開工后不久，工程便因資金不足陷入困境，后因公司破產(chǎn)而中斷。

1903年巴拿馬獨立建國，美國予以承認并介入開鑿運河。11月18日，美國國務(wù)卿J.M.海和巴拿馬代表、法國工程師P.布諾-瓦里拉在華盛頓簽署《美國和巴拿馬共和國關(guān)于建造一條連接大西洋和太平洋的通航運河的專約》（又稱《美巴條約》《海—布諾-瓦里拉條約》），授予美國開鑿運河的權(quán)利。1904年5月，運河工程重新動工。1914年，運河試航。1920年，巴拿馬運河正式通航。巴拿馬運河使得太平洋和大西洋的航程縮短了1萬多千米，具有經(jīng)濟和戰(zhàn)略價值。開鑿運河中，有3萬多人犧牲，中國勞工也做出了貢獻。

20世紀40年代開始，圍繞運河問題，美巴關(guān)系逐漸趨于緊張。1956年，美國國務(wù)卿J.F.杜勒斯宣稱美國可以代表巴拿馬的利益，因為美國對巴拿馬運河擁有主權(quán)。這一聲明加劇了緊張局勢。

1977年9月7日，美國和巴拿馬簽署關(guān)于運河問題的新條約。條約規(guī)定：1999年12月31日午夜，美國將最終把運河歸還給巴拿馬；并成立運河管委會，由5名美國人和4名巴拿馬人組成，在1977～1999年管理運河；巴拿馬運河將永久中立化，戰(zhàn)爭時期兩國船只都有優(yōu)先通過運河的權(quán)利。

1999年底，巴拿馬收回運河。2014年，巴拿馬運河正式進行擴容工程：在運河兩端各修建一個三級提升船閘和配套設(shè)施，還拓寬和加深運河河道。擴建后的巴拿馬運河區(qū)總面積達到了1432平方千米，其通行能力比之前提高了1倍以上，并可通行裝載1.6萬個集裝箱的貨船，相當于先前最大載貨量的3倍。