位于菲律賓板塊之上，水域面積500萬平方千米。北部處在東經(jīng)130°～142°，南部處在東經(jīng)124°～147°，南北跨越35個緯度（北緯0°～35°），是世界上最大、最深的海。西部為菲律賓和中國臺灣，北部為日本，東部為馬里亞納群島，南部為帕勞。海域南部處于熱帶地區(qū)，屬熱帶海洋性氣候，終年炎熱，年平均氣溫27～28℃，年平均降水量2000～3000毫米，降水以東部為最多。北部位于亞熱帶地區(qū)，年平均降水量2000毫米。8～9月多臺風(fēng)，尤集中發(fā)生于9月。

海底地形復(fù)雜，是由一系列斷層和褶皺所形成的結(jié)構(gòu)盆地，突出海面的部分構(gòu)成島弧，即海盆的邊界。除周圍島弧外，露出海面成為島嶼的很少，只有西北部的北大東島、南大東島、沖大東島等。平均水深4100米，在第一島弧以東達(dá)到最大深度，即10497米深的菲律賓海溝。九州-帕勞海嶺在海域中線呈南北走向貫穿整個海區(qū)，長約2778千米。斷續(xù)的海山將菲律賓海盆分成東西兩部分：①東面為馬里亞納海盆，海盆稍淺，被中部及南北走向的海嶺分為東馬里亞納海盆、西馬里亞納海盆和北部的四國海盆3個小海盆。②西面為菲律賓海盆，深而廣闊，最深達(dá)7559米。菲律賓海中部有一條南北方向的漫長脊背，把海域劃分為東西兩大部分。

菲律賓海每單位面積的海洋物種數(shù)量較多，已被確定為海洋生物多樣性的中心。海域內(nèi)包括3200余種魚類，480余種珊瑚，800余種海藻和底棲藻類。這里也是瀕臨滅絕的海洋物種的繁殖和覓食地，如鯨鯊、儒艮和巨型鯊魚。菲律賓海擁有獨特的海洋生態(tài)系統(tǒng)，沿海水域約有500種硬珊瑚和軟珊瑚，水域內(nèi)發(fā)現(xiàn)全世界已知貝類的20%。此外，這里還是日本鰻魚、金槍魚和各種鯨魚的產(chǎn)卵場。