赤潮監(jiān)測(cè)包括生物指標(biāo)監(jiān)測(cè)和非生物指標(biāo)監(jiān)測(cè)。生物指標(biāo)監(jiān)測(cè)是測(cè)定誘發(fā)赤潮形成的生物因素，如浮游生物種類、結(jié)構(gòu)等。主要監(jiān)測(cè)方法有：①赤潮生物種類監(jiān)測(cè)。通過調(diào)查某一水域浮游生物的種類、密度和增殖速度來監(jiān)測(cè)赤潮。②孢囊監(jiān)測(cè)。赤潮生物的孢囊在外界條件適宜時(shí)，細(xì)胞即脫孢而出，產(chǎn)生大量的赤潮生物，引起赤潮發(fā)生，利用赤潮生物孢囊萌發(fā)與水溫的關(guān)系來監(jiān)測(cè)赤潮。③葉綠素a監(jiān)測(cè)。利用葉綠素a與浮游植物生物量的相關(guān)性，測(cè)定水體中葉綠素a的濃度可間接得到浮游生物的生物量，以此來監(jiān)測(cè)赤潮。④赤潮水體中微生物監(jiān)測(cè)。伴隨著赤潮生物的大量繁殖和死亡，細(xì)菌大量繁殖來分解有機(jī)體，用細(xì)菌的監(jiān)測(cè)結(jié)果來判別赤潮。⑤赤潮生物毒素監(jiān)測(cè)。一些赤潮浮游植物能產(chǎn)生神經(jīng)性毒素，引起魚類、貝類等生物致病或死亡，根據(jù)魚類、貝類致病或死亡狀況可判別赤潮。非生物指標(biāo)監(jiān)測(cè)的監(jiān)測(cè)指標(biāo)包括水色、水溫、pH、透明度、光照、鹽度、溶解氧、營(yíng)養(yǎng)鹽、生化需氧量、微量元素、海流、潮汐等。

隨著海洋監(jiān)測(cè)技術(shù)的不斷發(fā)展，飛機(jī)遙感和衛(wèi)星遙感技術(shù)也應(yīng)用于赤潮監(jiān)測(cè)。利用機(jī)載或星載設(shè)備可以獲得包括海面溫度、水體運(yùn)動(dòng)、水色、海風(fēng)、海洋排污及葉綠素表層分布特征等，但不能獲得赤潮生物的種類、數(shù)量等方面的資料。遙感技術(shù)和生物監(jiān)測(cè)結(jié)合起來，才能更好地發(fā)揮作用。 赤潮監(jiān)測(cè)是對(duì)赤潮進(jìn)行研究和實(shí)施管理控制的重要環(huán)節(jié)，為赤潮預(yù)測(cè)、預(yù)報(bào)和減災(zāi)提供理論依據(jù)和技術(shù)途徑。